St. Johannis, die Johannes dem Täufer geweihte erste Klosterkirche erbauten die Mönche des Franziskanerordens, aus Ziesar kommend, um 1240 an der Havel auf der Seite der Altstadt, am Salzhofufer.

Der schlichte Backsteinbau wurde bis zu Beginn des 15. Jahrhunderts genutzt. 1411 wurde ein Neubau begonnen unter Einbeziehung der bereits vorhandenen Mauern des Vorgängerbaues. Es wurde eine einschiffige gotische hochaufragende Backsteinkirche mit dreigeteilten Fenstern mit einfachen Profilierungen und Maßwerk in den Bogenfeldern in insgesamt sechs Bauzeiten vollendet. Das große Rundfenster an der Nordseite über dem Portal weist üppiges Maßwerk auf und ist ein besonderer Schmuck der St. Johanniskirche. Ein herausragender Bauteil war die Choranlage, vor 1440 in Form eines Polygons mit hochaufstrebenden profilierten Spitzbogenfenstern und einem eindrucksvollen Maßwerkfries.

Bereits 1271 tagte hier ein Provinzialkapitel. Früh schlossen sich die Brandenburger Franziskaner der strengen Richtung des Ordens an (1428 Einführung der Observanz durch päpstlichen Legaten bestätigt). Das Kloster spielte in der Reformbewegung eine wichtige Rolle (1467 hier auf Ordenskapitel die neuen Statuten der Observanten verkündet) und war mit seiner bedeutenden Bibliothek ein geistiges Zentrum der Stadt. Noch lange Zeit nach Einführung der Reformation verstanden es die Brandenburger Franziskaner sich zu behaupten, begünstigt durch das Domkapitel und vom Kurfürsten geduldet. 1544 kam ein Vergleich mit der Stadt zustande, die in den Klostergebäuden ein Hospital einrichten wollte. Dem Konvent wurde auf Lebenszeit Nutzungsrecht eingeräumt, der Rat erhielt einen Teil der Gebäude und wurde als Erbe anerkannt. Ab 1561 stand die Kirche zwar für evangelische Gottesdienste zur Verfügung, das katholische Leben erlosch in diesem letzten märkischen Bettelordenskloster jedoch erst gegen 1570.



Neben dem seit 1545 in einem Teil der Klostergebäude eingerichteten kleinen Johannishospital wurde 1638 auch das vorher beim Nikolaikirchhof vor dem Plauer Tor befindliche Gertrudshospital hierher verlegt. Im 19. Jahrhundert nutzte die Weißbier-Brausozietät den Ostflügel.

Im Zuge der verzögerten und vorsichtigen Einführung der Reformation in der Mark wurde das Kloster nicht nur zum Fluchtort vertriebener Franziskanerkonvente, zum Rückzugsort des Magdeburger Rechtsgelehrten Petrus Wedego (Vitus) und des letzten Propstes des Prämonstratenserstift auf dem Harlungerberg, sondern leistete insbesondere auch der von Kurfürst Joachim II. und vor allem vom altstädtischen Rat vorangetriebenen Reformation unter Ausnutzung aller rechtlichen Möglichkeiten, die bis zum Augsburger Religionsfrieden 1555 die konfessionell offene Situation des Reiches bot, lange Zeit erfolgreichen Widerstand. Eine erste Visitation im Jahre 1539, die die Befolgung der neuen Kirchenordnung durchsetzen sollte, scheiterte ebenso wie die kurfürstliche Visitation in der zweiten Märzhälfte 1541. Materiell unterstützt vom eingesetzten Brandenburger Domkapitel verblieben die Franziskaner in ihrem Kloster, vermochten sich den seit 1539 von den neu eingesetzten evangelischen Stadtpfarrern im Kloster zu haltenden lectiones in theologia zu entziehen, feierten trotz Verbots weiterhin die Messe, betreuten die Bevölkerung nach altgläubigen Ritus und predigten in Stadt und Umland vehement gegen die lutherische Reformation und die kurfürstliche Kirchenordnung. Auf dem Höhepunkt dieser Auseinandersetzungen verfasste der neustädtische Pfarrer Erasmus Alberus 1542 sein polemisches Werk Der Barfuser Münche Eulenspiegel und Alcoran, das ein „Bestseller“ der konfessionellen Streitschriftenliteratur wurde. Auf Druck des altstädtischen Rates mussten die im Kloster verbliebenen Franziskaner 1544 einem Vertrag zu stimmen, der ihnen Messfeiern in der Kirche und die Aufnahme von Novizen untersagte, das Eigentum am Kloster der Stadt übertrug, den Franziskanern aber lebenslangen Aufenthalt im Kloster garantierte. Ab 1545 richtete die Stadt unter Protest der Franziskaner ein Armenhospital im Kloster ein. 1556, nach dem Augsburger Reichstag, versuchte der Rat mit offenbar überspitzten Beschwerdeschreiben beim Kurfürsten, die Situation endgültig für sich zu entscheiden und – jedoch noch erfolglos – die Aufhebung des Klosters durchzusetzen.

Erst ab 1561 wurde die Kirche für den evangelischen Gottesdienst genutzt, während die Franziskaner im Kloster heimlich und in beständiger Furcht die Messe und ihre Offizieren lasen. In der Ordensgeschichtsschreibung gilt das Kloster seit 1562 als aufgehoben. Im Rechnungsjahr 1569/70 sind letztmals Naturalienzuweisungen an den Konvent in den Rechnungsbüchern des Domkapitels verzeichnet.
Seit 1545 war in den Klostergebäuden das städtische Johannis-Hospital untergebracht, 1638 verlegte man auch das beim Nikolai-Kirchhof vor der Stadtmauer gelegene Hospital St. Gertrudis hierher. Bestrebungen seit 1685, den Klosterhof den aus Frankreich kommenden Reformierten als Wohnstätte zur Verfügung zu stellen, scheiterten an den hohen Baukosten zur Wiederherstellung des weitgehend verfallenen Hofes. Der Ost-Flügel der Klosteranlage wurde im 19. Jh. von einer Weißbier-Brausozietät genutzt. 1865 wurden die noch vorhandenen Klostergebäude für die Errichtung der von Saldern-Realschule (Saldria) niedergelegt. Das nordöstlich der Kirche gelegene klösterliche Brauhaus, das seit 1652 als Salzumschlagplatz für Stadt und Umland sowie Ende des 19. Jahrhundert als Exerzierhaus der Garnison diente, wurde 1900 abgerissen.

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